El CMC ha contribuido con el trabajo de investigadores que lograron los siguientes premios:

• PRIMER PREMIO AL MEJOR TRABAJO CIENTÍFICO. (Vicario, J.; Piva, J.R.; Pierini, A.; Campos C.; Canal A.M.; Ortega, H.H.; Pfeiffer, H.; Gerardo, L.; Fendrich, I.; Novero R. “Médula oseaautóloga vía seno coronario y angiogénesis en cerdos con injuria miocárdica”) .XXI Congreso Nacional de Cardiología, Federación Argentina de Cardiología, Mar del Plata, 2002.
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• PRIMER PREMIO NACIONAL A LA EXCELENCIA 2002. Título de Honor entregado por el Instituto Nacional de la Excelencia, por el Aporte a la Comunidad. Noviembre de 2002.
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• DISTINCIÓN AL MEJOR TRABAJO EXPERIMENTAL. Sociedad Médica de Santa Fe, Diciembre de 2002.
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• TERCER PREMIO AL MEJOR TRABAJO PRESENTADO. (Zurvarra, F.M.; Salvetti, N.R.; Baravalle, C.; Ortega, H.H. “Expression of steroid hormona receptors in ovarian follicles of rats with cystic ovarian disease induced by letrozol”).II Reunión Científica Regional y I Congreso Nacional de la Asociación Argentina de Ciencia y Tecnología de Animales de Laboratorio. Buenos Aires, Agosto de 2007.
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• PREMIO “Diez Jóvenes Sobresalientes de la Provincia de Santa Fe para el año 2007”, Área Desarrollo Científico y Tecnológico. Otorgado por la Cámara Junior Internacional (WorldwideFederation of Young Leaders and Entrepreneurs), Rosario, Noviembre de 2007.
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• PROGRAMA DE FORTALECIMIENTO DE LAS CAPACIDADES DEL SISTEMA DE INVESTIGACIÓN Y DESARROLLO EN LA PROVINCIA DE SANTA FE. Premios a Tesis de Maestría en la Provincia de Santa Fe 2008. Área Agronomía y Veterinaria. Tesista: Vet. Natalia R. Salvetti – Director: Dr. Hugo H. Ortega. – Maestría en Ciencias Veterinarias, Mención Salud Animal. – Facultad de Ciencias Veterinarias – Universidad Nacional del Litoral. Tema: “Ovario poliquístico: caracterización inmunohistoquímica de las estructuras ováricas en un modelo experimental”.
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• Premio “Top Ten” Abstract por el trabajo Vicario J.; Campos C.; Gerardo, L; Pfeiffer, H.; Ortega H.H.; Yosviak, A.; Vicario, D.; Berduc, J. et al “TransfemoralArteryAdministrarion of AutologousUnfractionatedBoneMarrow in PatientswithPeripheral Arterial Disease. Phase I.”.Cardiovascular Revascularization Therapies.(Sponsored by The American Brachytherapy Society), Washington, EEUU, 2009.
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• Reconocimiento de la Honorable Cámara de Diputados de la provincia de Santa Fe, portrabajos de investigación. Resolución 214, 2009.
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• Felicitaciones de la Honorable Cámara de Diputados de la Nación, por trabajos de investigación desarrollados sobre la aplicación de células madres. Trámite parlamentario 2024-D-2009.
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• Premio Estímulo “Premio Gaspar Juárez en Ciencias Biológicas” de la Academia Nacional de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Buenos Aires, Octubre de 2010.
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• Premio “HermannBurmeister” en la especialidad Biología Celular y Genética, Academia Nacional de Ciencias, Córdoba, 2011.
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• Premio Estímulo a Jóvenes Científicos 2011 en Ciencias Veterinarias de la Fundación Bunge y Born, Buenos Aires, Argentina
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• PREMIO HOUSSAY 2011. Área Ciencias Biológicas, Ciencias Agrarias, Veterinaria. Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Presidencia de la Nación